C’est le fort qui est sur la droite lorsqu’on fait face au Vieux Port. Il fait partie intégrante d’un complexe militaire indissociable de l’Histoire de Marseille. Ancienne commanderie des Hospitaliers de Saint Jean de Jérusalem au XIIème siècle pendant les croisades, le Fort Saint Jean servait de point de départ des troupes vers la Terre Sainte. Il fait face au Fort Saint Nicolas.
La commanderie est composée d’une chapelle, d’une église, d’un hôpital, ainsi que le palais du commandeur. L’ensemble est achevé en 1365. La grande tour carrée est édifiée par le Roi René entre 1447 et 1453 qui cherche ainsi à protéger plus efficacement le port. La tour ronde si visible et caractéristique date du milieu du XVIIème siècle.