El museo se creó en abril de 1941 tomando cuerpo una idea que venía gestándose desde muy antiguo con distintas denominaciones como Museo Biblioteca de Ultramar o Museo Arqueológico de Indias. En 1943 se encargó el proyecto de la actual sede del museo a los arquitectos Luis Moya y Luis Martínez Feduchi, empezándose la obra el mismo año y acabándose en 1954.